远在洪水泛滥年代，大禹率领着千军万马疏通了长江三峡，惨遭洪水浩劫的黎民百姓纷纷回归了故土，开荒播种，重过田园生活。
在治水大军中，有一位跟随大禹的老郎中，带着一个小孙女，这姑娘长得花颜月貌，聪明过人，取名花椒，她整天跟着爷爷四处奔波，为治水民工和当地百姓治病。大禹疏通了三峡，正要转移到别的地方，这里却闹流行眼病。
一个和花椒要好的姑娘，因眼病疼痛而骨瘦如柴，她在花椒爷俩的治疗下，终于眼病好了，这姑娘百般感激。但生眼病和各种疾病的人陆续不断，花椒见此情景，不忍心随爷爷转移而离开这里，便向爷爷提出留在三峡。爷爷念她十三四岁，人小体弱，放心不下，坚持要她跟随远征。
花椒决心已定，就去找大禹叔叔给爷爷说情，大禹见这天真无邪的小姑娘有一颗为民之心，十分喜欢，但要当场考考她的医术，就提出几种疑难病症要她处方，她都能对答如流按症施药。接着让她独个一人医治了一个人的眼病，她真正做到了妙手回春，药到病除，很快把患者的病给治好了。
爷爷见了点头称是，大禹满意地说服了花椒的爷爷，将她留在三峡了。
花椒送走了爷爷和治水大军，她跟以往同爷爷出诊一样，身背小药箱，走东家，串西家，哪家有病哪家治，天长日久，治好了很多病人。当地百姓个个喜欢她，称花椒为神医姑娘。
后来，由于这一带森林密集，土地潮湿，湿热性眼病广泛流行，严重地区，人们挨家挨户病倒呻吟不止，有的还害瞎了眼。见此情形，花椒心急如焚，一人又忙不过来，于是就发动大家寻找一种开白花、结小子、味麻性烈的药物来治疗，疗效十分显着，治一个好一个，从此，它就成了主治眼病的特效良药。
人们为了采摘方便，便将此种树苗移栽到自己的房前屋后，为了预防眼病，每日三餐的菜肴中，也加些清香味麻的小红籽儿，日长天久，这小红籽儿就成了调料，它和辣椒一起，成了菜的特有风味——麻辣味。
从那时起，一代一代流传至今。后人们为了纪念花椒姑娘，便把这无名的小红籽儿称为花椒。